array:24 [
  "pii" => "S0300289619302455"
  "issn" => "03002896"
  "doi" => "10.1016/j.arbres.2019.04.017"
  "estado" => "S300"
  "fechaPublicacion" => "2020-01-01"
  "aid" => "2171"
  "copyright" => "SEPAR"
  "copyrightAnyo" => "2019"
  "documento" => "article"
  "crossmark" => 1
  "subdocumento" => "sco"
  "cita" => "Arch Bronconeumol. 2020;56:5-6"
  "abierto" => array:3 [
    "ES" => true
    "ES2" => true
    "LATM" => true
  ]
  "gratuito" => true
  "lecturas" => array:2 [
    "total" => 222
    "formatos" => array:2 [
      "HTML" => 153
      "PDF" => 69
    ]
  ]
  "Traduccion" => array:1 [
    "en" => array:19 [
      "pii" => "S1579212919303520"
      "issn" => "15792129"
      "doi" => "10.1016/j.arbr.2019.04.014"
      "estado" => "S300"
      "fechaPublicacion" => "2020-01-01"
      "aid" => "2171"
      "copyright" => "SEPAR"
      "documento" => "article"
      "crossmark" => 1
      "subdocumento" => "sco"
      "cita" => "Arch Bronconeumol. 2020;56:5-6"
      "abierto" => array:3 [
        "ES" => false
        "ES2" => false
        "LATM" => false
      ]
      "gratuito" => false
      "lecturas" => array:2 [
        "total" => 1
        "HTML" => 1
      ]
      "en" => array:10 [
        "idiomaDefecto" => true
        "cabecera" => "<span class="elsevierStyleTextfn">Editorial</span>"
        "titulo" => "Look at the wood and not at the tree&#58; The microbiome in chronic obstructive lung disease and cystic fibrosis"
        "tienePdf" => "en"
        "tieneTextoCompleto" => "en"
        "paginas" => array:1 [
          0 => array:2 [
            "paginaInicial" => "5"
            "paginaFinal" => "6"
          ]
        ]
        "titulosAlternativos" => array:1 [
          "es" => array:1 [
            "titulo" => "Mirar el bosque y no el &#225;rbol&#58; el microbioma en la enfermedad pulmonar obstructiva cr&#243;nica y la fibrosis qu&#237;stica"
          ]
        ]
        "contieneTextoCompleto" => array:1 [
          "en" => true
        ]
        "contienePdf" => array:1 [
          "en" => true
        ]
        "autores" => array:1 [
          0 => array:2 [
            "autoresLista" => "Eduard Mons&#243;"
            "autores" => array:1 [
              0 => array:2 [
                "nombre" => "Eduard"
                "apellidos" => "Mons&#243;"
              ]
            ]
          ]
        ]
      ]
      "idiomaDefecto" => "en"
      "Traduccion" => array:1 [
        "es" => array:9 [
          "pii" => "S0300289619302455"
          "doi" => "10.1016/j.arbres.2019.04.017"
          "estado" => "S300"
          "subdocumento" => ""
          "abierto" => array:3 [
            "ES" => true
            "ES2" => true
            "LATM" => true
          ]
          "gratuito" => true
          "lecturas" => array:1 [
            "total" => 0
          ]
          "idiomaDefecto" => "es"
          "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S0300289619302455?idApp=UINPBA00003Z"
        ]
      ]
      "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S1579212919303520?idApp=UINPBA00003Z"
      "url" => "/15792129/0000005600000001/v3_202001222229/S1579212919303520/v3_202001222229/en/main.assets"
    ]
  ]
  "itemSiguiente" => array:19 [
    "pii" => "S0300289619302479"
    "issn" => "03002896"
    "doi" => "10.1016/j.arbres.2019.04.019"
    "estado" => "S300"
    "fechaPublicacion" => "2020-01-01"
    "aid" => "2173"
    "copyright" => "SEPAR"
    "documento" => "article"
    "crossmark" => 1
    "subdocumento" => "sco"
    "cita" => "Arch Bronconeumol. 2020;56:7-8"
    "abierto" => array:3 [
      "ES" => true
      "ES2" => true
      "LATM" => true
    ]
    "gratuito" => true
    "lecturas" => array:2 [
      "total" => 950
      "formatos" => array:2 [
        "HTML" => 703
        "PDF" => 247
      ]
    ]
    "es" => array:10 [
      "idiomaDefecto" => true
      "cabecera" => "<span class="elsevierStyleTextfn">Editorial</span>"
      "titulo" => "Cribado en c&#225;ncer de pulm&#243;n&#58; &#250;ltimas evidencias"
      "tienePdf" => "es"
      "tieneTextoCompleto" => "es"
      "paginas" => array:1 [
        0 => array:2 [
          "paginaInicial" => "7"
          "paginaFinal" => "8"
        ]
      ]
      "titulosAlternativos" => array:1 [
        "en" => array:1 [
          "titulo" => "Screening in Lung Cancer&#58; The Latest Evidence"
        ]
      ]
      "contieneTextoCompleto" => array:1 [
        "es" => true
      ]
      "contienePdf" => array:1 [
        "es" => true
      ]
      "autores" => array:1 [
        0 => array:2 [
          "autoresLista" => "Luis M&#46; Seijo, Juan Carlos Trujillo, Javier J&#46; Zulueta"
          "autores" => array:3 [
            0 => array:2 [
              "nombre" => "Luis M&#46;"
              "apellidos" => "Seijo"
            ]
            1 => array:2 [
              "nombre" => "Juan Carlos"
              "apellidos" => "Trujillo"
            ]
            2 => array:2 [
              "nombre" => "Javier J&#46;"
              "apellidos" => "Zulueta"
            ]
          ]
        ]
      ]
    ]
    "idiomaDefecto" => "es"
    "Traduccion" => array:1 [
      "en" => array:9 [
        "pii" => "S1579212919303532"
        "doi" => "10.1016/j.arbr.2019.04.015"
        "estado" => "S300"
        "subdocumento" => ""
        "abierto" => array:3 [
          "ES" => false
          "ES2" => false
          "LATM" => false
        ]
        "gratuito" => false
        "lecturas" => array:1 [
          "total" => 0
        ]
        "idiomaDefecto" => "en"
        "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S1579212919303532?idApp=UINPBA00003Z"
      ]
    ]
    "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S0300289619302479?idApp=UINPBA00003Z"
    "url" => "/03002896/0000005600000001/v5_202003060711/S0300289619302479/v5_202003060711/es/main.assets"
  ]
  "itemAnterior" => array:18 [
    "pii" => "S0300289619302406"
    "issn" => "03002896"
    "doi" => "10.1016/j.arbres.2019.04.012"
    "estado" => "S300"
    "fechaPublicacion" => "2020-01-01"
    "aid" => "2166"
    "documento" => "article"
    "crossmark" => 1
    "subdocumento" => "sco"
    "cita" => "Arch Bronconeumol. 2020;56:3-4"
    "abierto" => array:3 [
      "ES" => true
      "ES2" => true
      "LATM" => true
    ]
    "gratuito" => true
    "lecturas" => array:2 [
      "total" => 156
      "formatos" => array:2 [
        "HTML" => 99
        "PDF" => 57
      ]
    ]
    "en" => array:10 [
      "idiomaDefecto" => true
      "cabecera" => "<span class="elsevierStyleTextfn">Editorial</span>"
      "titulo" => "Lung Cancer and Microbiome"
      "tienePdf" => "en"
      "tieneTextoCompleto" => "en"
      "paginas" => array:1 [
        0 => array:2 [
          "paginaInicial" => "3"
          "paginaFinal" => "4"
        ]
      ]
      "titulosAlternativos" => array:1 [
        "es" => array:1 [
          "titulo" => "Cancer de pulmon y microbioma"
        ]
      ]
      "contieneTextoCompleto" => array:1 [
        "en" => true
      ]
      "contienePdf" => array:1 [
        "en" => true
      ]
      "autores" => array:1 [
        0 => array:2 [
          "autoresLista" => "Eva Mar&#237;a Garrido-Mart&#237;n, Luis Paz-Ares"
          "autores" => array:2 [
            0 => array:2 [
              "nombre" => "Eva Mar&#237;a"
              "apellidos" => "Garrido-Mart&#237;n"
            ]
            1 => array:2 [
              "nombre" => "Luis"
              "apellidos" => "Paz-Ares"
            ]
          ]
        ]
      ]
    ]
    "idiomaDefecto" => "en"
    "Traduccion" => array:1 [
      "en" => array:9 [
        "pii" => "S1579212919304264"
        "doi" => "10.1016/j.arbr.2019.04.018"
        "estado" => "S300"
        "subdocumento" => ""
        "abierto" => array:3 [
          "ES" => false
          "ES2" => false
          "LATM" => false
        ]
        "gratuito" => false
        "lecturas" => array:1 [
          "total" => 0
        ]
        "idiomaDefecto" => "en"
        "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S1579212919304264?idApp=UINPBA00003Z"
      ]
    ]
    "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S0300289619302406?idApp=UINPBA00003Z"
    "url" => "/03002896/0000005600000001/v5_202003060711/S0300289619302406/v5_202003060711/en/main.assets"
  ]
  "es" => array:12 [
    "idiomaDefecto" => true
    "cabecera" => "<span class="elsevierStyleTextfn">Editorial</span>"
    "titulo" => "Mirar el bosque y no el &#225;rbol&#58; el microbioma en la enfermedad pulmonar obstructiva cr&#243;nica y la fibrosis qu&#237;stica"
    "tieneTextoCompleto" => true
    "paginas" => array:1 [
      0 => array:2 [
        "paginaInicial" => "5"
        "paginaFinal" => "6"
      ]
    ]
    "autores" => array:1 [
      0 => array:3 [
        "autoresLista" => "Eduard Mons&#243;"
        "autores" => array:1 [
          0 => array:3 [
            "nombre" => "Eduard"
            "apellidos" => "Mons&#243;"
            "email" => array:1 [
              0 => "emonso@tauli.cat"
            ]
          ]
        ]
        "afiliaciones" => array:1 [
          0 => array:2 [
            "entidad" => "Servicio de Neumolog&#237;a&#44; Hospital Universitari Parc Taul&#237;&#44; Ciber de Enfermedades Respiratorias-Ciberes&#44; Barcelona&#44; Espa&#241;a"
            "identificador" => "aff0005"
          ]
        ]
      ]
    ]
    "titulosAlternativos" => array:1 [
      "en" => array:1 [
        "titulo" => "Look at the wood and not at the tree&#58; The Microbiome in Chronic Obstructive Lung Disease and Cystic Fibrosis"
      ]
    ]
    "textoCompleto" => "<span class="elsevierStyleSections"><span id="sec0005" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0005">Secuenciaci&#243;n del microbioma humano</span><p id="par0005" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Las t&#233;cnicas microbiol&#243;gicas basadas en el cultivo actualmente disponibles no son adecuadas para la identificaci&#243;n de hasta un 80&#37; de los microorganismos que habitan en las superficies mucosas&#44; ya que una buena parte de las bacterias que forman parte del microbioma humano son dif&#237;ciles de cultivar por m&#233;todos convencionales y a menudo el cultivo ofrece resultados falsamente negativos en presencia de flora anaerobia obligada o cuando las cargas bacterianas son bajas&#46; La secuenciaci&#243;n del gen que codifica el componente 16S del ARN ribos&#243;mico <span class="elsevierStyleItalic">&#40;16SrRNA&#41;</span> despu&#233;s de amplificaci&#243;n ha llevado el estudio de la diversidad microbiana a un elevado nivel de detalle&#44; tipificando la presencia bacteriana en su conjunto hasta el nivel de g&#233;nero&#44; y en muchos casos incluso de especie&#44; independientemente de los resultados obtenidos en el cultivo&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0010">Microbioma respiratorio</span><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En el aparato respiratorio la aplicaci&#243;n de t&#233;cnicas independientes del cultivo demostr&#243; ya desde un principio que en el sujeto normal el &#225;rbol bronquial no es est&#233;ril&#44; y que en ausencia de enfermedad respiratoria aloja una flora microbiana que presenta una gran similitud con la orofar&#237;ngea&#44; por migraci&#243;n de esta al &#225;rbol bronquial&#46; El estudio del microbioma alojado en los diversos compartimientos del aparato respiratorio ha permitido descartar que la flora bronquial que se recupera de esputo y se identifica en la secuenciaci&#243;n sea atribuible a contaminaci&#243;n por la flora orofar&#237;ngea&#44; y ha objetivado que las similitudes del microbioma broncopulmonar y el orofar&#237;ngeo son determinadas por la migraci&#243;n de la flora supragl&#243;tica hacia el &#225;rbol traqueobronquial&#44; con una homogeneidad superior entre ambas composiciones bacterianas cuando el &#225;rea bronquial examinada es m&#225;s pr&#243;xima a la orofaringe&#44; como es el caso del l&#243;bulo superior derecho<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#46; La migraci&#243;n bacteriana de orofaringe a &#225;rbol traqueobronquial se ve facilitada por la microaspiraci&#243;n&#44; un fen&#243;meno que aparece peri&#243;dicamente durante la noche con una frecuencia variable<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#46; Esta flora de continuidad con la orofaringe es posteriormente modulada por el microambiente del espacio broncopulmonar&#44; que favorece el crecimiento de algunos de los componentes de la flora<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#46; Esta modificaci&#243;n se magnifica cuando existe enfermedad pulmonar cr&#243;nica &#40;EPOC&#41;&#44; situaci&#243;n en la que la flora traqueobronquial se diferencia claramente de la orofar&#237;ngea<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0090"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0015">Enfermedad estable</span><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En la EPOC&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio ha permitido objetivar una disminuci&#243;n de la diversidad bacteriana en el &#225;rbol traqueobronquial cuando la enfermedad se agrava&#44; lo que resulta identificable a trav&#233;s del descenso en el Shannon Diversity Index&#44; un marcador que reconoce tanto la disminuci&#243;n en los tipos bacterianos presentes como su p&#233;rdida de abundancia&#46; Esta anomal&#237;a es atribuible fundamentalmente a una disminuci&#243;n en la flora anaerobia&#44; sobre todo en los g&#233;neros <span class="elsevierStyleItalic">Prevotella</span> y <span class="elsevierStyleItalic">Veillonella</span>&#44; que se ven parcialmente sustituidos por proteobacterias como <span class="elsevierStyleItalic">Haemophilus</span> o <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span>&#44; g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios comunes que llegan a ser una parte dominante de la flora alojada en el &#225;rbol respiratorio en estos pacientes<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;5</span></a>&#46; El mismo patr&#243;n se ha objetivado en la fibrosis qu&#237;stica&#44; en la que se ha relacionado tambi&#233;n con el consumo recurrente de antibi&#243;ticos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0105"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0020">Exacerbaci&#243;n</span><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Aunque en la exacerbaci&#243;n de la EPOC la flora respiratoria en su conjunto solo se modifica en la mitad de los casos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#44; la abundancia relativa de g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios espec&#237;ficos se incrementa significativamente respecto a muestras previas obtenidas de los mismos pacientes en situaci&#243;n de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46; La sensibilidad del cultivo bacteriano convencional para la identificaci&#243;n del agente causal de una exacerbaci&#243;n tiene limitaciones en la EPOC&#46; Aunque en m&#225;s del 70&#37; de los episodios un pat&#243;geno identificado en la secuenciaci&#243;n aumenta su abundancia relativa respecto la estabilidad y alcanza una dominancia superior al 50&#37; en la muestra del paciente<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#44; este microorganismo no es identificado en el cultivo en cerca de la mitad de las exacerbaciones<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#44; una limitaci&#243;n que tambi&#233;n ha sido identificada en la fibrosis qu&#237;stica<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0125"><span class="elsevierStyleSup">10&#44;11</span></a>&#46; El an&#225;lisis del microbioma respiratorio en la EPOC ha objetivado que microorganismos potencialmente pat&#243;genos como <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella catarrhalis</span> son causales de la exacerbaci&#243;n en m&#225;s de una tercera parte de los casos&#44; al objetivar que el g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella</span> muestra abundancias relativas claramente superiores a las observadas en los mismos pacientes en el per&#237;odo previo de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0025">Cultivo y microbioma</span><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en la EPOC y la fibrosis qu&#237;stica plantea problemas espec&#237;ficos cuando se analiza a la vista de los resultados obtenidos en el an&#225;lisis del microbioma de la muestra respiratoria estudiada&#46; Diversos estudios han mostrado una buena correlaci&#243;n entre la abundancia relativa del g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span> en la secuenciaci&#243;n y la cuantificaci&#243;n de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7&#44;8&#44;12</span></a> y tanto la secuenciaci&#243;n como el cultivo se han mostrado &#250;tiles para identificar la colonizaci&#243;n cr&#243;nica por este microorganismo cuando sus aislamientos se mantienen en el tiempo<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0140"><span class="elsevierStyleSup">13</span></a>&#46; En una exacerbaci&#243;n que aparece en un paciente cr&#243;nicamente colonizado&#44; sin embargo&#44; el hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> puede resultar equ&#237;voco&#44; ya que ocasionalmente identifica el colonizante&#44; y no el causante de la exacerbaci&#243;n&#46; Esta es la situaci&#243;n en una quinta parte de los episodios de empeoramiento en pacientes colonizados por este microorganismo&#44; en los que la secuenciaci&#243;n identifica un microorganismo causal del episodio agudo distinto de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>&#44; aunque este pat&#243;geno aparezca en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0030" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Esputo y lavado broncoalveolar</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En las enfermedades respiratorias plantea dificultades el elegir la muestra m&#225;s adecuada para el an&#225;lisis del microbioma respiratorio&#46; Sin duda el esputo&#44; espont&#225;neo o inducido&#44; es la muestra m&#225;s f&#225;cilmente obtenible&#44; aunque solo es representativa de la v&#237;a respiratoria bronquial<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0145"><span class="elsevierStyleSup">14</span></a>&#46; El lavado broncoalveolar genera resultados equivalentes al cepillado bronquial distal obtenido en condiciones de esterilidad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#46; La ventaja relativa del lavado &#40;su capacidad de muestrear un volumen amplio que se extiende al sector alveolar&#41; se ve contrarrestada por el efecto de diluci&#243;n de la t&#233;cnica&#44; que limita la validez de los resultados obtenidos&#46; Las situaciones de muestreo en las que el material obtenido contiene una menor cantidad de biomasa debido a diluci&#243;n&#44; como es el caso del lavado broncoalveolar&#44; reducen el n&#250;mero de copias del gen <span class="elsevierStyleItalic">16SrRNA</span> presentes<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; lo que determina que la frecuente existencia de contaminantes bacterianos en el procesado&#44; presentes en los mismos reactivos utilizados en concentraciones muy bajas&#44; queden magnificados en el recuento de la abundancia relativa&#44; al contraponerse a una cantidad escasa de material de origen bacteriano&#44; lo que dificulta la interpretaci&#243;n de los resultados obtenidos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0150"><span class="elsevierStyleSup">15</span></a>&#46; As&#237;&#44; el an&#225;lisis del microbioma en muestras respiratorias&#44; y especialmente en el lavado broncoalveolar&#44; requiere de la utilizaci&#243;n de controles en los que se haya seguido el mismo proceso anal&#237;tico y que&#44; por lo tanto&#44; contengan los contaminantes propios del procesado&#44; para descartar de las lecturas finales obtenidas en la muestra objeto de estudio los tipos bacterianos presentes en las muestras control&#46;</p><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Por lo tanto&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio nos ha permitido confirmar la abundante flora microbiana alojada en el &#225;rbol traqueobronquial y su diversidad&#44; junto con los cambios en ella que se asocian a la aparici&#243;n de una enfermedad cr&#243;nica y de sus exacerbaciones&#46; As&#237;&#44; actualmente ya resulta evidente que los cambios en la carga bacteriana de un microorganismo no son el &#250;nico elemento fundamental en la evoluci&#243;n microbiol&#243;gica de una determinada enfermedad&#44; y que estas alteraciones puntuales deben ser interpretadas solo como un componente de los cambios que aparecen en el conjunto de la flora microbiana&#44; cuya interacci&#243;n es determinante&#46; El &#225;rbol solo es una parte del bosque&#46;</p></span><span id="sec0035" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Financiaci&#243;n</span><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Este texto se ha realizado en parte con ayudas de FIS PI15&#47;00167&#44; FIS PI18&#47;00934 y Fundacions BRN&#47;Pl&#224; Armengol con ayudas del Instituto de Salud Carlos III&#44; Espa&#241;a &#40;FIS PI15&#47;00167 y FIS PI16&#47;00934&#59; y de Fundaciones BRN&#47;Pl&#224; Armengol&#44; Espa&#241;a &#40;2015&#41;&#46;</p></span></span>"
    "textoCompletoSecciones" => array:1 [
      "secciones" => array:8 [
        0 => array:2 [
          "identificador" => "sec0005"
          "titulo" => "Secuenciaci&#243;n del microbioma humano"
        ]
        1 => array:2 [
          "identificador" => "sec0010"
          "titulo" => "Microbioma respiratorio"
        ]
        2 => array:2 [
          "identificador" => "sec0015"
          "titulo" => "Enfermedad estable"
        ]
        3 => array:2 [
          "identificador" => "sec0020"
          "titulo" => "Exacerbaci&#243;n"
        ]
        4 => array:2 [
          "identificador" => "sec0025"
          "titulo" => "Cultivo y microbioma"
        ]
        5 => array:2 [
          "identificador" => "sec0030"
          "titulo" => "Esputo y lavado broncoalveolar"
        ]
        6 => array:2 [
          "identificador" => "sec0035"
          "titulo" => "Financiaci&#243;n"
        ]
        7 => array:1 [
          "titulo" => "Bibliograf&#237;a"
        ]
      ]
    ]
    "pdfFichero" => "main.pdf"
    "tienePdf" => true
    "bibliografia" => array:2 [
      "titulo" => "Bibliograf&#237;a"
      "seccion" => array:1 [
        0 => array:2 [
          "identificador" => "bibs0015"
          "bibliografiaReferencia" => array:15 [
            0 => array:3 [
              "identificador" => "bib0080"
              "etiqueta" => "1"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Analysis of the upper respiratory tract microbiotas as the source of the lung and gastric microbiotas in healthy individuals"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "C&#46;M&#46; Bassis"
                            1 => "J&#46;R&#46; Erb-Downward"
                            2 => "R&#46;P&#46; Dickson"
                            3 => "C&#46;M&#46; Freeman"
                            4 => "T&#46;M&#46; Schmidt"
                            5 => "V&#46;B&#46; Young"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1128/mBio.00037-15"
                      "Revista" => array:3 [
                        "tituloSerie" => "mBio"
                        "fecha" => "2015"
                        "volumen" => "6"
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            1 => array:3 [
              "identificador" => "bib0085"
              "etiqueta" => "2"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Spatial variation in the healthy human lung microbiome and the adapted island model of lung biogeography"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "R&#46;P&#46; Dickson"
                            1 => "J&#46;R&#46; Erb-Downward"
                            2 => "C&#46;M&#46; Freeman"
                            3 => "L&#46; McCloskey"
                            4 => "J&#46;M&#46; Beck"
                            5 => "G&#46;B&#46; Huffnagle"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1513/AnnalsATS.201501-029OC"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Ann Am Thorac Soc"
                        "fecha" => "2015"
                        "volumen" => "12"
                        "paginaInicial" => "821"
                        "paginaFinal" => "830"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25803243"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            2 => array:3 [
              "identificador" => "bib0090"
              "etiqueta" => "3"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Microbial diversity in the sputum of a cystic fibrosis patient studied with 16S rDNA pyrosequencing"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "F&#46; Armougom"
                            1 => "F&#46; Bittar"
                            2 => "N&#46; Stremler"
                            3 => "J&#46;M&#46; Rolain"
                            4 => "C&#46; Robert"
                            5 => "J&#46;C&#46; Dubus"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1007/s10096-009-0749-x"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Eur J Clin Microbiol Infect Dis"
                        "fecha" => "2009"
                        "volumen" => "28"
                        "paginaInicial" => "1151"
                        "paginaFinal" => "1154"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19449045"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            3 => array:3 [
              "identificador" => "bib0095"
              "etiqueta" => "4"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Longitudinal profiling of the lung microbiome in the AERIS study demonstrates repeatability of bacterial and eosinophilic COPD exacerbations"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "D&#46; Mayhew"
                            1 => "N&#46; Devos"
                            2 => "C&#46; Lambert"
                            3 => "J&#46;R&#46; Brown"
                            4 => "S&#46;C&#46; Clarke"
                            5 => "V&#46;L&#46; Kim"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1136/thoraxjnl-2017-210408"
                      "Revista" => array:7 [
                        "tituloSerie" => "Thorax"
                        "fecha" => "2018"
                        "volumen" => "73"
                        "paginaInicial" => "422"
                        "paginaFinal" => "430"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29386298"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                        "itemHostRev" => array:3 [
                          "pii" => "S0140673605677021"
                          "estado" => "S300"
                          "issn" => "01406736"
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            4 => array:3 [
              "identificador" => "bib0100"
              "etiqueta" => "5"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Community dinamics and the lower airway microbiota in stable chronic obstructive pulmonary disease&#44; smokers and healthy non-smokers"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "G&#46;G&#46; Einarsson"
                            1 => "D&#46;M&#46; Comer"
                            2 => "L&#46; McIlreavey"
                            3 => "J&#46; Parkhill"
                            4 => "M&#46; Ennis"
                            5 => "M&#46;M&#46; Tunney"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1136/thoraxjnl-2015-207235"
                      "Revista" => array:7 [
                        "tituloSerie" => "Thorax"
                        "fecha" => "2016"
                        "volumen" => "71"
                        "paginaInicial" => "795"
                        "paginaFinal" => "803"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27146202"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                        "itemHostRev" => array:3 [
                          "pii" => "S0140673610623537"
                          "estado" => "S300"
                          "issn" => "01406736"
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            5 => array:3 [
              "identificador" => "bib0105"
              "etiqueta" => "6"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Fluctuations in airway bacterial communities associated with clinical states and disease stages in cystic fibrosis"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "L&#46;A&#46; Carmody"
                            1 => "L&#46;J&#46; Caverly"
                            2 => "B&#46;K&#46; Foster"
                            3 => "M&#46;A&#46; Rogers"
                            4 => "L&#46;M&#46; Kalikin"
                            5 => "R&#46;H&#46; Simon"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:1 [
                      "Revista" => array:3 [
                        "tituloSerie" => "PlosOne"
                        "fecha" => "2018"
                        "volumen" => "13"
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            6 => array:3 [
              "identificador" => "bib0110"
              "etiqueta" => "7"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Lung microbiome dynamics in COPD exacerbations"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "Z&#46; Wang"
                            1 => "M&#46; Bafadhel"
                            2 => "K&#46; Haldar"
                            3 => "A&#46; Spivak"
                            4 => "D&#46; Mayhew"
                            5 => "B&#46;E&#46; Miller"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1183/13993003.00270-2016"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Eur Respir J"
                        "fecha" => "2016"
                        "volumen" => "47"
                        "paginaInicial" => "1034"
                        "paginaFinal" => "1036"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27037309"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            7 => array:3 [
              "identificador" => "bib0115"
              "etiqueta" => "8"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Bronchial microbiome&#44; PQA biofilm-forming capacity and exacerbation in severe COPD patients colonized by <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "M&#46; Garcia-Nu&#241;ez"
                            1 => "S&#46; Mart&#237;"
                            2 => "C&#46; Puig"
                            3 => "V&#46; Perez-Brocal"
                            4 => "L&#46; Millares"
                            5 => "S&#46; Santos"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.2217/fmb-2016-0127"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Future Microbiol"
                        "fecha" => "2017"
                        "volumen" => "12"
                        "paginaInicial" => "379"
                        "paginaFinal" => "392"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28339291"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            8 => array:3 [
              "identificador" => "bib0120"
              "etiqueta" => "9"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Bronchial microbiome of severe COPD patients colonised by <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "L&#46; Millares"
                            1 => "R&#46; Ferrari"
                            2 => "M&#46; Gallego"
                            3 => "M&#46; Garcia-Nu&#241;ez"
                            4 => "V&#46; P&#233;rez-Brocal"
                            5 => "M&#46; Espasa"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1007/s10096-013-2044-0"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Eur J Clin Microbiol Infect Dis"
                        "fecha" => "2014"
                        "volumen" => "33"
                        "paginaInicial" => "1101"
                        "paginaFinal" => "1111"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24449346"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            9 => array:3 [
              "identificador" => "bib0125"
              "etiqueta" => "10"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Comparison of microbiomes from different niches of upper and lower airways in children and adolescents with cystic fibrosis"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "S&#46; Boutin"
                            1 => "S&#46;Y&#46; Graeber"
                            2 => "M&#46; Weitnauer"
                            3 => "J&#46; Panitz"
                            4 => "M&#46; Stahl"
                            5 => "D&#46; Clausznitzer"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:1 [
                      "Revista" => array:3 [
                        "tituloSerie" => "PloSOne"
                        "fecha" => "2015"
                        "volumen" => "10"
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            10 => array:3 [
              "identificador" => "bib0130"
              "etiqueta" => "11"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Culture-based and culture-independent bacteriologic analysis of cystic fibrosis respiratory specimens"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => false
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "M&#46;A&#46; Mahboubi"
                            1 => "L&#46;A&#46; Carmody"
                            2 => "B&#46;K&#46; Foster"
                            3 => "L&#46;M&#46; Kalikin"
                            4 => "D&#46;R&#46; van Devander"
                            5 => "J&#46;J&#46; LiPuma"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1128/JCM.02299-15"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "J Clin Microbiol"
                        "fecha" => "2016"
                        "volumen" => "54"
                        "paginaInicial" => "613"
                        "paginaFinal" => "619"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26699705"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            11 => array:3 [
              "identificador" => "bib0135"
              "etiqueta" => "12"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "The adult cystic fibrosis airway microbiota is stable over time and infection type&#44; and highly resilient to antibiotic treatment of exacerbations"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "A&#46;A&#46; Fodor"
                            1 => "E&#46;R&#46; Klem"
                            2 => "D&#46;F&#46; Gilpin"
                            3 => "J&#46; Stuart Elborn"
                            4 => "R&#46;C&#46; Boucher"
                            5 => "M&#46;M&#46; Tunney"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1371/journal.pone.0045001"
                      "Revista" => array:5 [
                        "tituloSerie" => "PLoS ONE"
                        "fecha" => "2012"
                        "volumen" => "7"
                        "paginaInicial" => "e45001"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23049765"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            12 => array:3 [
              "identificador" => "bib0140"
              "etiqueta" => "13"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Antibiotic therapy against&#160;<span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>&#160;in cystic fibrosis&#58; A European consensus"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "G&#46; Doring"
                            1 => "S&#46;P&#46; Conway"
                            2 => "H&#46;G&#46; Heijerman"
                            3 => "M&#46;E&#46; Hodson"
                            4 => "N&#46; Holby"
                            5 => "A&#46; Smyth"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1034/j.1399-3003.2000.16d30.x"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "Eur Respir J"
                        "fecha" => "2000"
                        "volumen" => "16"
                        "paginaInicial" => "749"
                        "paginaFinal" => "767"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11106223"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            13 => array:3 [
              "identificador" => "bib0145"
              "etiqueta" => "14"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Microbiome diversity in the bronchial tracts of patients with chronic obstructive pulmonary disease"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "R&#46; Cabrera-Rubio"
                            1 => "M&#46; Garcia-N&#250;&#241;ez"
                            2 => "L&#46; Set&#243;"
                            3 => "J&#46;M&#46; Ant&#243;"
                            4 => "A&#46; Moya"
                            5 => "E&#46; Mons&#243;"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1128/JCM.00767-12"
                      "Revista" => array:6 [
                        "tituloSerie" => "J Clin Microbiol"
                        "fecha" => "2012"
                        "volumen" => "50"
                        "paginaInicial" => "3562"
                        "paginaFinal" => "3568"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22915614"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
            14 => array:3 [
              "identificador" => "bib0150"
              "etiqueta" => "15"
              "referencia" => array:1 [
                0 => array:2 [
                  "contribucion" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "titulo" => "Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses"
                      "autores" => array:1 [
                        0 => array:2 [
                          "etal" => true
                          "autores" => array:6 [
                            0 => "S&#46;J&#46; Salter"
                            1 => "M&#46;J&#46; Cox"
                            2 => "E&#46;M&#46; Turek"
                            3 => "S&#46;T&#46; Calus"
                            4 => "W&#46;O&#46; Cookson"
                            5 => "M&#46;F&#46; Moffat"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                  "host" => array:1 [
                    0 => array:2 [
                      "doi" => "10.1186/s12915-014-0087-z"
                      "Revista" => array:5 [
                        "tituloSerie" => "BMC Biology"
                        "fecha" => "2014"
                        "volumen" => "12"
                        "paginaInicial" => "87"
                        "link" => array:1 [
                          0 => array:2 [
                            "url" => "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25387460"
                            "web" => "Medline"
                          ]
                        ]
                      ]
                    ]
                  ]
                ]
              ]
            ]
          ]
        ]
      ]
    ]
  ]
  "idiomaDefecto" => "es"
  "url" => "/03002896/0000005600000001/v5_202003060711/S0300289619302455/v5_202003060711/es/main.assets"
  "Apartado" => array:4 [
    "identificador" => "14517"
    "tipo" => "SECCION"
    "es" => array:2 [
      "titulo" => "Editorials / Editoriales"
      "idiomaDefecto" => true
    ]
    "idiomaDefecto" => "es"
  ]
  "PDF" => "https://static.elsevier.es/multimedia/03002896/0000005600000001/v5_202003060711/S0300289619302455/v5_202003060711/es/main.pdf?idApp=UINPBA00003Z&text.app=https://archbronconeumol.org/"
  "EPUB" => "https://multimedia.elsevier.es/PublicationsMultimediaV1/item/epub/S0300289619302455?idApp=UINPBA00003Z"
]
Share
Journal Information
Vol. 56. Issue 1.
Pages 5-6 (January 2020)
Visits
2734
Vol. 56. Issue 1.
Pages 5-6 (January 2020)
Editorial
Full text access
Mirar el bosque y no el árbol: el microbioma en la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y la fibrosis quística
Look at the wood and not at the tree: The Microbiome in Chronic Obstructive Lung Disease and Cystic Fibrosis
Visits
2734
Eduard Monsó
Servicio de Neumología, Hospital Universitari Parc Taulí, Ciber de Enfermedades Respiratorias-Ciberes, Barcelona, España
This item has received
Article information
Full Text
Bibliography
Download PDF
Statistics
Full Text
Secuenciación del microbioma humano

Las técnicas microbiológicas basadas en el cultivo actualmente disponibles no son adecuadas para la identificación de hasta un 80% de los microorganismos que habitan en las superficies mucosas, ya que una buena parte de las bacterias que forman parte del microbioma humano son difíciles de cultivar por métodos convencionales y a menudo el cultivo ofrece resultados falsamente negativos en presencia de flora anaerobia obligada o cuando las cargas bacterianas son bajas. La secuenciación del gen que codifica el componente 16S del ARN ribosómico (16SrRNA) después de amplificación ha llevado el estudio de la diversidad microbiana a un elevado nivel de detalle, tipificando la presencia bacteriana en su conjunto hasta el nivel de género, y en muchos casos incluso de especie, independientemente de los resultados obtenidos en el cultivo.

Microbioma respiratorio

En el aparato respiratorio la aplicación de técnicas independientes del cultivo demostró ya desde un principio que en el sujeto normal el árbol bronquial no es estéril, y que en ausencia de enfermedad respiratoria aloja una flora microbiana que presenta una gran similitud con la orofaríngea, por migración de esta al árbol bronquial. El estudio del microbioma alojado en los diversos compartimientos del aparato respiratorio ha permitido descartar que la flora bronquial que se recupera de esputo y se identifica en la secuenciación sea atribuible a contaminación por la flora orofaríngea, y ha objetivado que las similitudes del microbioma broncopulmonar y el orofaríngeo son determinadas por la migración de la flora supraglótica hacia el árbol traqueobronquial, con una homogeneidad superior entre ambas composiciones bacterianas cuando el área bronquial examinada es más próxima a la orofaringe, como es el caso del lóbulo superior derecho1. La migración bacteriana de orofaringe a árbol traqueobronquial se ve facilitada por la microaspiración, un fenómeno que aparece periódicamente durante la noche con una frecuencia variable1. Esta flora de continuidad con la orofaringe es posteriormente modulada por el microambiente del espacio broncopulmonar, que favorece el crecimiento de algunos de los componentes de la flora2. Esta modificación se magnifica cuando existe enfermedad pulmonar crónica (EPOC), situación en la que la flora traqueobronquial se diferencia claramente de la orofaríngea3.

Enfermedad estable

En la EPOC, el análisis del microbioma respiratorio ha permitido objetivar una disminución de la diversidad bacteriana en el árbol traqueobronquial cuando la enfermedad se agrava, lo que resulta identificable a través del descenso en el Shannon Diversity Index, un marcador que reconoce tanto la disminución en los tipos bacterianos presentes como su pérdida de abundancia. Esta anomalía es atribuible fundamentalmente a una disminución en la flora anaerobia, sobre todo en los géneros Prevotella y Veillonella, que se ven parcialmente sustituidos por proteobacterias como Haemophilus o Pseudomonas, géneros que incluyen patógenos respiratorios comunes que llegan a ser una parte dominante de la flora alojada en el árbol respiratorio en estos pacientes4,5. El mismo patrón se ha objetivado en la fibrosis quística, en la que se ha relacionado también con el consumo recurrente de antibióticos6.

Exacerbación

Aunque en la exacerbación de la EPOC la flora respiratoria en su conjunto solo se modifica en la mitad de los casos4, la abundancia relativa de géneros que incluyen patógenos respiratorios específicos se incrementa significativamente respecto a muestras previas obtenidas de los mismos pacientes en situación de estabilidad4,7. La sensibilidad del cultivo bacteriano convencional para la identificación del agente causal de una exacerbación tiene limitaciones en la EPOC. Aunque en más del 70% de los episodios un patógeno identificado en la secuenciación aumenta su abundancia relativa respecto la estabilidad y alcanza una dominancia superior al 50% en la muestra del paciente7, este microorganismo no es identificado en el cultivo en cerca de la mitad de las exacerbaciones8,9, una limitación que también ha sido identificada en la fibrosis quística10,11. El análisis del microbioma respiratorio en la EPOC ha objetivado que microorganismos potencialmente patógenos como Moraxella catarrhalis son causales de la exacerbación en más de una tercera parte de los casos, al objetivar que el género Moraxella muestra abundancias relativas claramente superiores a las observadas en los mismos pacientes en el período previo de estabilidad4,7.

Cultivo y microbioma

El hallazgo de cultivos positivos para Pseudomonas aeruginosa en la EPOC y la fibrosis quística plantea problemas específicos cuando se analiza a la vista de los resultados obtenidos en el análisis del microbioma de la muestra respiratoria estudiada. Diversos estudios han mostrado una buena correlación entre la abundancia relativa del género Pseudomonas en la secuenciación y la cuantificación de Pseudomonas aeruginosa en el cultivo7,8,12 y tanto la secuenciación como el cultivo se han mostrado útiles para identificar la colonización crónica por este microorganismo cuando sus aislamientos se mantienen en el tiempo13. En una exacerbación que aparece en un paciente crónicamente colonizado, sin embargo, el hallazgo de cultivos positivos para Pseudomonas aeruginosa puede resultar equívoco, ya que ocasionalmente identifica el colonizante, y no el causante de la exacerbación. Esta es la situación en una quinta parte de los episodios de empeoramiento en pacientes colonizados por este microorganismo, en los que la secuenciación identifica un microorganismo causal del episodio agudo distinto de Pseudomonas aeruginosa, aunque este patógeno aparezca en el cultivo8,9.

Esputo y lavado broncoalveolar

En las enfermedades respiratorias plantea dificultades el elegir la muestra más adecuada para el análisis del microbioma respiratorio. Sin duda el esputo, espontáneo o inducido, es la muestra más fácilmente obtenible, aunque solo es representativa de la vía respiratoria bronquial14. El lavado broncoalveolar genera resultados equivalentes al cepillado bronquial distal obtenido en condiciones de esterilidad2. La ventaja relativa del lavado (su capacidad de muestrear un volumen amplio que se extiende al sector alveolar) se ve contrarrestada por el efecto de dilución de la técnica, que limita la validez de los resultados obtenidos. Las situaciones de muestreo en las que el material obtenido contiene una menor cantidad de biomasa debido a dilución, como es el caso del lavado broncoalveolar, reducen el número de copias del gen 16SrRNA presentes1, lo que determina que la frecuente existencia de contaminantes bacterianos en el procesado, presentes en los mismos reactivos utilizados en concentraciones muy bajas, queden magnificados en el recuento de la abundancia relativa, al contraponerse a una cantidad escasa de material de origen bacteriano, lo que dificulta la interpretación de los resultados obtenidos15. Así, el análisis del microbioma en muestras respiratorias, y especialmente en el lavado broncoalveolar, requiere de la utilización de controles en los que se haya seguido el mismo proceso analítico y que, por lo tanto, contengan los contaminantes propios del procesado, para descartar de las lecturas finales obtenidas en la muestra objeto de estudio los tipos bacterianos presentes en las muestras control.

Por lo tanto, el análisis del microbioma respiratorio nos ha permitido confirmar la abundante flora microbiana alojada en el árbol traqueobronquial y su diversidad, junto con los cambios en ella que se asocian a la aparición de una enfermedad crónica y de sus exacerbaciones. Así, actualmente ya resulta evidente que los cambios en la carga bacteriana de un microorganismo no son el único elemento fundamental en la evolución microbiológica de una determinada enfermedad, y que estas alteraciones puntuales deben ser interpretadas solo como un componente de los cambios que aparecen en el conjunto de la flora microbiana, cuya interacción es determinante. El árbol solo es una parte del bosque.

Financiación

Este texto se ha realizado en parte con ayudas de FIS PI15/00167, FIS PI18/00934 y Fundacions BRN/Plà Armengol con ayudas del Instituto de Salud Carlos III, España (FIS PI15/00167 y FIS PI16/00934; y de Fundaciones BRN/Plà Armengol, España (2015).

Bibliografía
[1]
C.M. Bassis, J.R. Erb-Downward, R.P. Dickson, C.M. Freeman, T.M. Schmidt, V.B. Young, et al.
Analysis of the upper respiratory tract microbiotas as the source of the lung and gastric microbiotas in healthy individuals.
[2]
R.P. Dickson, J.R. Erb-Downward, C.M. Freeman, L. McCloskey, J.M. Beck, G.B. Huffnagle, et al.
Spatial variation in the healthy human lung microbiome and the adapted island model of lung biogeography.
Ann Am Thorac Soc, 12 (2015), pp. 821-830
[3]
F. Armougom, F. Bittar, N. Stremler, J.M. Rolain, C. Robert, J.C. Dubus, et al.
Microbial diversity in the sputum of a cystic fibrosis patient studied with 16S rDNA pyrosequencing.
Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 28 (2009), pp. 1151-1154
[4]
D. Mayhew, N. Devos, C. Lambert, J.R. Brown, S.C. Clarke, V.L. Kim, et al.
Longitudinal profiling of the lung microbiome in the AERIS study demonstrates repeatability of bacterial and eosinophilic COPD exacerbations.
[5]
G.G. Einarsson, D.M. Comer, L. McIlreavey, J. Parkhill, M. Ennis, M.M. Tunney, et al.
Community dinamics and the lower airway microbiota in stable chronic obstructive pulmonary disease, smokers and healthy non-smokers.
[6]
L.A. Carmody, L.J. Caverly, B.K. Foster, M.A. Rogers, L.M. Kalikin, R.H. Simon, et al.
Fluctuations in airway bacterial communities associated with clinical states and disease stages in cystic fibrosis.
PlosOne, 13 (2018),
[7]
Z. Wang, M. Bafadhel, K. Haldar, A. Spivak, D. Mayhew, B.E. Miller, et al.
Lung microbiome dynamics in COPD exacerbations.
Eur Respir J, 47 (2016), pp. 1034-1036
[8]
M. Garcia-Nuñez, S. Martí, C. Puig, V. Perez-Brocal, L. Millares, S. Santos, et al.
Bronchial microbiome, PQA biofilm-forming capacity and exacerbation in severe COPD patients colonized by Pseudomonas aeruginosa.
Future Microbiol, 12 (2017), pp. 379-392
[9]
L. Millares, R. Ferrari, M. Gallego, M. Garcia-Nuñez, V. Pérez-Brocal, M. Espasa, et al.
Bronchial microbiome of severe COPD patients colonised by Pseudomonas aeruginosa.
Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 33 (2014), pp. 1101-1111
[10]
S. Boutin, S.Y. Graeber, M. Weitnauer, J. Panitz, M. Stahl, D. Clausznitzer, et al.
Comparison of microbiomes from different niches of upper and lower airways in children and adolescents with cystic fibrosis.
PloSOne, 10 (2015),
[11]
M.A. Mahboubi, L.A. Carmody, B.K. Foster, L.M. Kalikin, D.R. van Devander, J.J. LiPuma.
Culture-based and culture-independent bacteriologic analysis of cystic fibrosis respiratory specimens.
J Clin Microbiol, 54 (2016), pp. 613-619
[12]
A.A. Fodor, E.R. Klem, D.F. Gilpin, J. Stuart Elborn, R.C. Boucher, M.M. Tunney, et al.
The adult cystic fibrosis airway microbiota is stable over time and infection type, and highly resilient to antibiotic treatment of exacerbations.
[13]
G. Doring, S.P. Conway, H.G. Heijerman, M.E. Hodson, N. Holby, A. Smyth, et al.
Antibiotic therapy against Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis: A European consensus.
Eur Respir J, 16 (2000), pp. 749-767
[14]
R. Cabrera-Rubio, M. Garcia-Núñez, L. Setó, J.M. Antó, A. Moya, E. Monsó, et al.
Microbiome diversity in the bronchial tracts of patients with chronic obstructive pulmonary disease.
J Clin Microbiol, 50 (2012), pp. 3562-3568
[15]
S.J. Salter, M.J. Cox, E.M. Turek, S.T. Calus, W.O. Cookson, M.F. Moffat, et al.
Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses.
BMC Biology, 12 (2014), pp. 87
Copyright © 2019. SEPAR
Archivos de Bronconeumología
Article options
Tools

Are you a health professional able to prescribe or dispense drugs?