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tipificando la presencia bacteriana en su conjunto hasta el nivel de g&#233;nero&#44; y en muchos casos incluso de especie&#44; independientemente de los resultados obtenidos en el cultivo&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0010">Microbioma respiratorio</span><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En el aparato respiratorio la aplicaci&#243;n de t&#233;cnicas independientes del cultivo demostr&#243; ya desde un principio que en el sujeto normal el &#225;rbol bronquial no es est&#233;ril&#44; y que en ausencia de enfermedad respiratoria aloja una flora microbiana que presenta una gran similitud con la orofar&#237;ngea&#44; por migraci&#243;n de esta al &#225;rbol bronquial&#46; El estudio del microbioma alojado en los diversos compartimientos del aparato respiratorio ha permitido descartar que la flora bronquial que se recupera de esputo y se identifica en la secuenciaci&#243;n sea atribuible a contaminaci&#243;n por la flora orofar&#237;ngea&#44; 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Esta modificaci&#243;n se magnifica cuando existe enfermedad pulmonar cr&#243;nica &#40;EPOC&#41;&#44; situaci&#243;n en la que la flora traqueobronquial se diferencia claramente de la orofar&#237;ngea<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0090"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0015">Enfermedad estable</span><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En la EPOC&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio ha permitido objetivar una disminuci&#243;n de la diversidad bacteriana en el &#225;rbol traqueobronquial cuando la enfermedad se agrava&#44; lo que resulta identificable a trav&#233;s del descenso en el Shannon Diversity Index&#44; un marcador que reconoce tanto la disminuci&#243;n en los tipos bacterianos presentes como su p&#233;rdida de abundancia&#46; Esta anomal&#237;a es atribuible fundamentalmente a una disminuci&#243;n en la flora anaerobia&#44; sobre todo en los g&#233;neros <span class="elsevierStyleItalic">Prevotella</span> y <span class="elsevierStyleItalic">Veillonella</span>&#44; que se ven parcialmente sustituidos por proteobacterias como <span class="elsevierStyleItalic">Haemophilus</span> o <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span>&#44; g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios comunes que llegan a ser una parte dominante de la flora alojada en el &#225;rbol respiratorio en estos pacientes<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;5</span></a>&#46; El mismo patr&#243;n se ha objetivado en la fibrosis qu&#237;stica&#44; en la que se ha relacionado tambi&#233;n con el consumo recurrente de antibi&#243;ticos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0105"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0020">Exacerbaci&#243;n</span><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Aunque en la exacerbaci&#243;n de la EPOC la flora respiratoria en su conjunto solo se modifica en la mitad de los casos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#44; la abundancia relativa de g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios espec&#237;ficos se incrementa significativamente respecto a muestras previas obtenidas de los mismos pacientes en situaci&#243;n de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46; La sensibilidad del cultivo bacteriano convencional para la identificaci&#243;n del agente causal de una exacerbaci&#243;n tiene limitaciones en la EPOC&#46; Aunque en m&#225;s del 70&#37; de los episodios un pat&#243;geno identificado en la secuenciaci&#243;n aumenta su abundancia relativa respecto la estabilidad y alcanza una dominancia superior al 50&#37; en la muestra del paciente<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#44; este microorganismo no es identificado en el cultivo en cerca de la mitad de las exacerbaciones<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#44; una limitaci&#243;n que tambi&#233;n ha sido identificada en la fibrosis qu&#237;stica<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0125"><span class="elsevierStyleSup">10&#44;11</span></a>&#46; El an&#225;lisis del microbioma respiratorio en la EPOC ha objetivado que microorganismos potencialmente pat&#243;genos como <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella catarrhalis</span> son causales de la exacerbaci&#243;n en m&#225;s de una tercera parte de los casos&#44; al objetivar que el g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella</span> muestra abundancias relativas claramente superiores a las observadas en los mismos pacientes en el per&#237;odo previo de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0025">Cultivo y microbioma</span><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en la EPOC y la fibrosis qu&#237;stica plantea problemas espec&#237;ficos cuando se analiza a la vista de los resultados obtenidos en el an&#225;lisis del microbioma de la muestra respiratoria estudiada&#46; Diversos estudios han mostrado una buena correlaci&#243;n entre la abundancia relativa del g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span> en la secuenciaci&#243;n y la cuantificaci&#243;n de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7&#44;8&#44;12</span></a> y tanto la secuenciaci&#243;n como el cultivo se han mostrado &#250;tiles para identificar la colonizaci&#243;n cr&#243;nica por este microorganismo cuando sus aislamientos se mantienen en el tiempo<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0140"><span class="elsevierStyleSup">13</span></a>&#46; En una exacerbaci&#243;n que aparece en un paciente cr&#243;nicamente colonizado&#44; sin embargo&#44; el hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> puede resultar equ&#237;voco&#44; ya que ocasionalmente identifica el colonizante&#44; y no el causante de la exacerbaci&#243;n&#46; Esta es la situaci&#243;n en una quinta parte de los episodios de empeoramiento en pacientes colonizados por este microorganismo&#44; en los que la secuenciaci&#243;n identifica un microorganismo causal del episodio agudo distinto de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>&#44; aunque este pat&#243;geno aparezca en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0030" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Esputo y lavado broncoalveolar</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En las enfermedades respiratorias plantea dificultades el elegir la muestra m&#225;s adecuada para el an&#225;lisis del microbioma respiratorio&#46; Sin duda el esputo&#44; espont&#225;neo o inducido&#44; es la muestra m&#225;s f&#225;cilmente obtenible&#44; aunque solo es representativa de la v&#237;a respiratoria bronquial<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0145"><span class="elsevierStyleSup">14</span></a>&#46; El lavado broncoalveolar genera resultados equivalentes al cepillado bronquial distal obtenido en condiciones de esterilidad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#46; La ventaja relativa del lavado &#40;su capacidad de muestrear un volumen amplio que se extiende al sector alveolar&#41; se ve contrarrestada por el efecto de diluci&#243;n de la t&#233;cnica&#44; que limita la validez de los resultados obtenidos&#46; Las situaciones de muestreo en las que el material obtenido contiene una menor cantidad de biomasa debido a diluci&#243;n&#44; como es el caso del lavado broncoalveolar&#44; reducen el n&#250;mero de copias del gen <span class="elsevierStyleItalic">16SrRNA</span> presentes<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; lo que determina que la frecuente existencia de contaminantes bacterianos en el procesado&#44; presentes en los mismos reactivos utilizados en concentraciones muy bajas&#44; queden magnificados en el recuento de la abundancia relativa&#44; al contraponerse a una cantidad escasa de material de origen bacteriano&#44; lo que dificulta la interpretaci&#243;n de los resultados obtenidos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0150"><span class="elsevierStyleSup">15</span></a>&#46; As&#237;&#44; el an&#225;lisis del microbioma en muestras respiratorias&#44; y especialmente en el lavado broncoalveolar&#44; requiere de la utilizaci&#243;n de controles en los que se haya seguido el mismo proceso anal&#237;tico y que&#44; por lo tanto&#44; contengan los contaminantes propios del procesado&#44; para descartar de las lecturas finales obtenidas en la muestra objeto de estudio los tipos bacterianos presentes en las muestras control&#46;</p><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Por lo tanto&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio nos ha permitido confirmar la abundante flora microbiana alojada en el &#225;rbol traqueobronquial y su diversidad&#44; junto con los cambios en ella que se asocian a la aparici&#243;n de una enfermedad cr&#243;nica y de sus exacerbaciones&#46; As&#237;&#44; actualmente ya resulta evidente que los cambios en la carga bacteriana de un microorganismo no son el &#250;nico elemento fundamental en la evoluci&#243;n microbiol&#243;gica de una determinada enfermedad&#44; y que estas alteraciones puntuales deben ser interpretadas solo como un componente de los cambios que aparecen en el conjunto de la flora microbiana&#44; cuya interacci&#243;n es determinante&#46; El &#225;rbol solo es una parte del bosque&#46;</p></span><span id="sec0035" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Financiaci&#243;n</span><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Este texto se ha realizado en parte con ayudas de FIS PI15&#47;00167&#44; FIS PI18&#47;00934 y Fundacions BRN&#47;Pl&#224; Armengol con ayudas del Instituto de Salud Carlos III&#44; Espa&#241;a &#40;FIS PI15&#47;00167 y FIS PI16&#47;00934&#59; 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Editorial
Mirar el bosque y no el árbol: el microbioma en la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y la fibrosis quística
Look at the wood and not at the tree: The Microbiome in Chronic Obstructive Lung Disease and Cystic Fibrosis
Eduard Monsó
Servicio de Neumología, Hospital Universitari Parc Taulí, Ciber de Enfermedades Respiratorias-Ciberes, Barcelona, España
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tipificando la presencia bacteriana en su conjunto hasta el nivel de g&#233;nero&#44; y en muchos casos incluso de especie&#44; independientemente de los resultados obtenidos en el cultivo&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0010">Microbioma respiratorio</span><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En el aparato respiratorio la aplicaci&#243;n de t&#233;cnicas independientes del cultivo demostr&#243; ya desde un principio que en el sujeto normal el &#225;rbol bronquial no es est&#233;ril&#44; y que en ausencia de enfermedad respiratoria aloja una flora microbiana que presenta una gran similitud con la orofar&#237;ngea&#44; por migraci&#243;n de esta al &#225;rbol bronquial&#46; El estudio del microbioma alojado en los diversos compartimientos del aparato respiratorio ha permitido descartar que la flora bronquial que se recupera de esputo y se identifica en la secuenciaci&#243;n sea atribuible a contaminaci&#243;n por la flora orofar&#237;ngea&#44; 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Esta modificaci&#243;n se magnifica cuando existe enfermedad pulmonar cr&#243;nica &#40;EPOC&#41;&#44; situaci&#243;n en la que la flora traqueobronquial se diferencia claramente de la orofar&#237;ngea<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0090"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0015">Enfermedad estable</span><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En la EPOC&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio ha permitido objetivar una disminuci&#243;n de la diversidad bacteriana en el &#225;rbol traqueobronquial cuando la enfermedad se agrava&#44; lo que resulta identificable a trav&#233;s del descenso en el Shannon Diversity Index&#44; un marcador que reconoce tanto la disminuci&#243;n en los tipos bacterianos presentes como su p&#233;rdida de abundancia&#46; Esta anomal&#237;a es atribuible fundamentalmente a una disminuci&#243;n en la flora anaerobia&#44; sobre todo en los g&#233;neros <span class="elsevierStyleItalic">Prevotella</span> y <span class="elsevierStyleItalic">Veillonella</span>&#44; que se ven parcialmente sustituidos por proteobacterias como <span class="elsevierStyleItalic">Haemophilus</span> o <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span>&#44; g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios comunes que llegan a ser una parte dominante de la flora alojada en el &#225;rbol respiratorio en estos pacientes<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;5</span></a>&#46; El mismo patr&#243;n se ha objetivado en la fibrosis qu&#237;stica&#44; en la que se ha relacionado tambi&#233;n con el consumo recurrente de antibi&#243;ticos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0105"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0020">Exacerbaci&#243;n</span><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Aunque en la exacerbaci&#243;n de la EPOC la flora respiratoria en su conjunto solo se modifica en la mitad de los casos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#44; la abundancia relativa de g&#233;neros que incluyen pat&#243;genos respiratorios espec&#237;ficos se incrementa significativamente respecto a muestras previas obtenidas de los mismos pacientes en situaci&#243;n de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46; La sensibilidad del cultivo bacteriano convencional para la identificaci&#243;n del agente causal de una exacerbaci&#243;n tiene limitaciones en la EPOC&#46; Aunque en m&#225;s del 70&#37; de los episodios un pat&#243;geno identificado en la secuenciaci&#243;n aumenta su abundancia relativa respecto la estabilidad y alcanza una dominancia superior al 50&#37; en la muestra del paciente<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#44; este microorganismo no es identificado en el cultivo en cerca de la mitad de las exacerbaciones<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#44; una limitaci&#243;n que tambi&#233;n ha sido identificada en la fibrosis qu&#237;stica<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0125"><span class="elsevierStyleSup">10&#44;11</span></a>&#46; El an&#225;lisis del microbioma respiratorio en la EPOC ha objetivado que microorganismos potencialmente pat&#243;genos como <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella catarrhalis</span> son causales de la exacerbaci&#243;n en m&#225;s de una tercera parte de los casos&#44; al objetivar que el g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Moraxella</span> muestra abundancias relativas claramente superiores a las observadas en los mismos pacientes en el per&#237;odo previo de estabilidad<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">4&#44;7</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0025">Cultivo y microbioma</span><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en la EPOC y la fibrosis qu&#237;stica plantea problemas espec&#237;ficos cuando se analiza a la vista de los resultados obtenidos en el an&#225;lisis del microbioma de la muestra respiratoria estudiada&#46; Diversos estudios han mostrado una buena correlaci&#243;n entre la abundancia relativa del g&#233;nero <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas</span> en la secuenciaci&#243;n y la cuantificaci&#243;n de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0110"><span class="elsevierStyleSup">7&#44;8&#44;12</span></a> y tanto la secuenciaci&#243;n como el cultivo se han mostrado &#250;tiles para identificar la colonizaci&#243;n cr&#243;nica por este microorganismo cuando sus aislamientos se mantienen en el tiempo<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0140"><span class="elsevierStyleSup">13</span></a>&#46; En una exacerbaci&#243;n que aparece en un paciente cr&#243;nicamente colonizado&#44; sin embargo&#44; el hallazgo de cultivos positivos para <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span> puede resultar equ&#237;voco&#44; ya que ocasionalmente identifica el colonizante&#44; y no el causante de la exacerbaci&#243;n&#46; Esta es la situaci&#243;n en una quinta parte de los episodios de empeoramiento en pacientes colonizados por este microorganismo&#44; en los que la secuenciaci&#243;n identifica un microorganismo causal del episodio agudo distinto de <span class="elsevierStyleItalic">Pseudomonas aeruginosa</span>&#44; aunque este pat&#243;geno aparezca en el cultivo<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0115"><span class="elsevierStyleSup">8&#44;9</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0030" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Esputo y lavado broncoalveolar</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En las enfermedades respiratorias plantea dificultades el elegir la muestra m&#225;s adecuada para el an&#225;lisis del microbioma respiratorio&#46; Sin duda el esputo&#44; espont&#225;neo o inducido&#44; es la muestra m&#225;s f&#225;cilmente obtenible&#44; aunque solo es representativa de la v&#237;a respiratoria bronquial<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0145"><span class="elsevierStyleSup">14</span></a>&#46; El lavado broncoalveolar genera resultados equivalentes al cepillado bronquial distal obtenido en condiciones de esterilidad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#46; La ventaja relativa del lavado &#40;su capacidad de muestrear un volumen amplio que se extiende al sector alveolar&#41; se ve contrarrestada por el efecto de diluci&#243;n de la t&#233;cnica&#44; que limita la validez de los resultados obtenidos&#46; Las situaciones de muestreo en las que el material obtenido contiene una menor cantidad de biomasa debido a diluci&#243;n&#44; como es el caso del lavado broncoalveolar&#44; reducen el n&#250;mero de copias del gen <span class="elsevierStyleItalic">16SrRNA</span> presentes<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; lo que determina que la frecuente existencia de contaminantes bacterianos en el procesado&#44; presentes en los mismos reactivos utilizados en concentraciones muy bajas&#44; queden magnificados en el recuento de la abundancia relativa&#44; al contraponerse a una cantidad escasa de material de origen bacteriano&#44; lo que dificulta la interpretaci&#243;n de los resultados obtenidos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0150"><span class="elsevierStyleSup">15</span></a>&#46; As&#237;&#44; el an&#225;lisis del microbioma en muestras respiratorias&#44; y especialmente en el lavado broncoalveolar&#44; requiere de la utilizaci&#243;n de controles en los que se haya seguido el mismo proceso anal&#237;tico y que&#44; por lo tanto&#44; contengan los contaminantes propios del procesado&#44; para descartar de las lecturas finales obtenidas en la muestra objeto de estudio los tipos bacterianos presentes en las muestras control&#46;</p><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Por lo tanto&#44; el an&#225;lisis del microbioma respiratorio nos ha permitido confirmar la abundante flora microbiana alojada en el &#225;rbol traqueobronquial y su diversidad&#44; junto con los cambios en ella que se asocian a la aparici&#243;n de una enfermedad cr&#243;nica y de sus exacerbaciones&#46; As&#237;&#44; actualmente ya resulta evidente que los cambios en la carga bacteriana de un microorganismo no son el &#250;nico elemento fundamental en la evoluci&#243;n microbiol&#243;gica de una determinada enfermedad&#44; y que estas alteraciones puntuales deben ser interpretadas solo como un componente de los cambios que aparecen en el conjunto de la flora microbiana&#44; cuya interacci&#243;n es determinante&#46; El &#225;rbol solo es una parte del bosque&#46;</p></span><span id="sec0035" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Financiaci&#243;n</span><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Este texto se ha realizado en parte con ayudas de FIS PI15&#47;00167&#44; FIS PI18&#47;00934 y Fundacions BRN&#47;Pl&#224; Armengol con ayudas del Instituto de Salud Carlos III&#44; Espa&#241;a &#40;FIS PI15&#47;00167 y FIS PI16&#47;00934&#59; 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Article information
ISSN: 03002896
Original language: Spanish
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